The
21st YPRC/BPRC Proteomics Workshop
2006년 1월 세계인간프로테옴 기구 (HUPO)의 Education & Training Center (Asia 지역 총괄)로 선정된 연세프로테옴연구센터에서는 제 21차 프로테오믹스 워크샵을 2007년 2월 5일부터 9일까지 5일간 1주일 코스로 진행합니다.
21차 워크샵 중점 추진방향
이번 21차 워크샵은 기존의 2-DE 및 non 2-DE의 다양한 proteomics 실험기법 및 분석방법 교육뿐 만 아니라, 실제 실험과정에서 겪을 수 있는 문제점의 실무적인 해결책을 제공하는 것에 보다 큰 목적을 두고 있습니다. 샘플 수의 결정과정, 2-DE 이미지 분석과정, MS 및 MS/MS 데이터를 이용하여 단백질 동정결과의 얻는 과정에서 발생 가능한 문제점에 대해 연세프로테옴연구센터의 해결 노하우 등을 제시함으로써, 국내 프로테오믹스 분야의 질적 향상을 꾀하고자 합니다. 또한, MCP, Proteomics 등 주요 프로테오믹스 관련 논문의 게재에 필요한 최소 guideline에 대한 대처 방법 등 실질적인 부분에서 해당 분야 연구자들에게 도움을 드리고자 합니다.
개요
이번 워크샵에서는 지난 7년간 총 20차에 걸쳐 축적된 교육 노하우를 바탕으로, 총 9 단계의 lab과정 및 12차례의 강의가 진행될 예정입니다. Lab 과정에서는 수강자 본인의 샘플에 대한 2-DE 분석 전 과정을 직접 실시하게 되며, 강의과정을 통해서 proteomics분석 방법의 이론적 배경 및 문제점의 해결 방법을 교육받으실 수 있습니다. 2DE 분야의 새로운 경향으로 자리잡은 Narrow range 2DE와 DIGE 분석에 대한 내용을 들으시고, Free Flow Electrophoresis, ZOOM, Rotofor, MARC, IgY, ProteoPrep20 등의 prefractionation 과정과 non 2DE 기반 장비들인 LC-MS/MS, LC-MALDI, PF2D, 및 iTRAQ에 대한 소개와 demo 실험을 통해, non 2-DE 기법에 대한 응용 가능성을 미리 검토하시기 바랍니다.
Proteome Informatics 과정의 추가 배치
Proteome informatics session을 추가로 기획하여, MS, MS/MS spectrum 및 PTM 분석 결과를 이해하고, 활용하는 데에 필수적인 다양한 informatics tool에 대한 교육을 증강 실시합니다.
2-DE 이미지 분석과정
2-DE 프로테옴 분석에서 가장 중요한 과정 중의 하나인 2-DE image 분석을 위하여, Image Master Platinum 5.0 분석 프로그램을 개인별로 할당하여, 직접 프로그램을 사용하면서 교육받고, DIGE 분석용 프로그램인 Decyder 6.5 에 대한 소개도 들으실 수 있도록 하였습니다.
2007. 1. 2
연세프로테옴연구센터 (http://www.proteomix.org)
소장 백 융 기
워크샾 안내
1) | 강의교재 (강의 내용, 실험절차 모음 및 슬라이드 유인물 자료 등) | |
2) | 본인 샘플 2-DE 분석기회 제공 (1 paired sample) | |
3) | 수료증, 실험가운, USB 메모리 (512 Mb) | |
4) | 워크샾 기간중 중식, 무료주차 |
참가신청요령 및 등록마감일
첨부한 신청양식을 작성하셔서, 아래의 e-mail 주소로 신청서를 보내주시기 바랍니다.
o 담당자 (이은영): (02-2123-6625)
o 참가비 입금 및 영수증 발급, 샘플 준비 방법: 신청서를 받고 나서 개별 안내합니다.
o 샘플준비는 1월 26일 이전에 완료하셔야 합니다. 신청서 보내기전에 미리 문의하셨으면 합니다
o 신청 마감일: 2007년 1월 26일 (금요일) 오후 6시 까지
o 1월 2일 홈페이지, 이메일 공지 이후 신청자가 15명 정원초과시 선착순 마감합니다.
참고 문헌
Lee HJ, Lee EY, Kwon MS, Paik YK.
Biomarker discovery from the plasma proteome using multidimensional fractionation proteomics.
Curr Opin Chem Biol. 2006 Feb;10(1):42-9. Epub 2006 Jan 18.
Young-Ki Paik, Seul-Ki Jeong, Eun-Young Lee, Pan-Young Jeong and Yhong-Hee Shim
Caenorhabditis elegans: an invaluable model organism for the proteomics studies of the cholesterol-mediated signaling pathway
Expert Review Proteomics, 2006, 3, 439-453 (August 1, 2006)
Sang Yun Cho, Eun-Young Lee and Young-Ki Paik (2006) Proteomic profiling of plasma samples by 2-dimensional electrophoresis. Methods in Mol. Biol. (textbook) Humana Pub. Co. (in press)
Byung-Kwon Choi, Yun-Kyung Shin, Eun-Young Lee, Pan-Young Jeong, Sun-Young Kim, Yhong-Hee Shim, and Young-Ki Paik (2006) Proteomic analysis of the sterol-mediated signaling pathways in C. elegans, Methods in Mol. Biol. (textbook), Humana Pub. Co. (in press)
Eun-Young Lee, Pan-Young Jeong, Sun-Young Kim, Yhong-Hee Shim, and Young-Ki Paik (2006) Effects of Sterols on the Development and Aging of Caenorhabditis elegans, Methods in Mol. Biol. (textbook), Humana Pub. Co. (in press).
Workshop 일정
(* 본 일정은 사정에 따라 예고없이 변경될 수 있습니다)
Day 1 |
Monday, Feb 5, 2007 | |
09:00 | Registration, Coffee & Tea | |
09:30 | [Lecture 1] Introduction to Recent Trends in Proteomics and Discovery of Biomarker (Young-Ki Paik, Ph.D.) | |
11:00 | [Lab 1]Sample Preparation and Isoelectric focusing (IEF) | |
13:00 | Lunch | |
14:30 | [Lab 2] Gel Casting (Gradient gel preparation) | |
16:30 PART |
[Lecture 2 and Demonstration 1]Prefractionation (ZOOM, Rotofor, FFE) | |
17:45 | End | |
Day 2 |
Tuesday, Feb 6, 2007 | |
09:00 | Coffee & Tea, Refreshment | |
09:30 | [Lab 3] Equilibration and 2DE Analysis of Samples (PART A) | |
11:00 | [Lecture 3 and Demonstration 2]Mass spectrometry Basics and Application of Nano LC-MS/MS system | |
13:00 | Lunch | |
14:30 | [Lecture 4]Breakthrough of Hurdles in Proteomics (2DE trouble shooting) | |
16:20 | [Lab 4]De-casting & Protein Detection (CBB) | |
18:30 | End | |
Day 3 |
Wednesday, Feb 7, 2007 | |
09:00 | Coffee & Tea, Refreshment | |
09:30 | [Lecture 5 and Demonstration 3] ProteomeLab PF2D | |
10:30 | [Lecture 6] High throughput protein identification strategy based on MS/MS analysis | |
12:30 | Lunch | |
14:00 | [Lab 5]Image Capture | |
16:00 | Break | |
16:15 | [Lab 6] In-gel Digestion for MALDI Analysis | |
18:00 | End | |
Day 4 |
Thursday, Feb 8, 2007 | |
09:00 | Coffee & Tea | |
09:30 | [Lab 7] Desalting of peptide mixtures (Poros) and MALDI plate spotting | |
12:00 | [Demonstration 4]AP-MALDI-TOF, 4800 MALDI-TOF/TOF | |
13:00 | Lunch | |
14:30 | [Lecture 7 and Lab 8]Image Convert, Compensation, Spot detection, Spot Pairing and Grouping (Image Master Platinum 5) | |
17:00 | [Lecture 8 and Demonstration 5]Introduction of labeling technique ? DIGE, SILAC (Typhoon 9400, Decyder6.5) | |
18:00 | End | |
Day 5 |
Friday, Feb 9, 2007 | |
09:00 | Coffee & Tea, Refreshment | |
09:30 | [Lecture 9 ]Database search tips on PMF | |
10:30 | [Lecture 10]Proteome Informatics tools, Part I | |
12:00 | Lunch / Commencement / Photo | |
14:00 | [Lecture 11]Proteome Informatics tools, Part II | |
15:00 | [Lab 9 ] Practice of MALDI-MASS & DB search | |
17:00 | [Lecture 12]Instructions to authors (MCP guideline) | |
19:00 | End |
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