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20차 YPRC/BPRC 프로테오믹스 워크샵 Protein Microarray

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KHUPO
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20th YPRC/BPRC Proteomics Workshop
Protein Microarray

안내의 말씀

연세프로테옴연구센터 (YPRC)에서는 20차 프로테오믹스 워크샵으로 Protein microarray를 이용한 Protein-protein interaction wet workshop을 2006년 9월 28일 (목) 하루 코스로 개최합니다.

Protein microarray workshop 중점 추진방향
이번 워크샵은 첨단의 기능성 단백질발현시스템과 고집적 microarray technology의 융합체라 할 수 있는 protein microarray (Invitrogen, 이하 ProtoArray)를 활용하여 protein microarray에 대한 이론적 배경과 직접적인 실험실습을 통한 활용기회를 연구자 여러분들께 제공함으로써 protein-protein interaction, small molecule target identification, kinase substrate identification 등 최근의 생명과학 및 제약산업 연구분야에서 중요하게 인식되는 연구요소들을 획기적이고 효율적으로 탐색, 분석할 수 있는 새로운 tool을 소개하고자 합니다.

ProtoArray 소개
ProtoArray는 기존의 antibody나 peptide chip이 아니며 full-length functional protein이 올려져 있는 protein chip입니다. 탑재된 protein의 종류에 따라 human 과 yeast의 두 가지 종류가 있으며, 칩 version에 따라 1,800 ~ 5,000여 개의 functional protein이 심어져 있습니다. 또한 응용성에 따라 protein-protein interaction identification, small molecule-interacting protein identification, lipid-interacting protein identification, kinase substrate identification, antibody-specific profiling, immune response profiling 등 기초생명과학 연구, 제약산업 및 임상 진단용 도구로써 활용이 가능하며, 수천 종류의 단백질들을 대상으로 불과 수시간만에 연구자가 원하는 결과를 도출할 수 있습니다.

워크샵 개요
본 워크샵은 하루에 걸쳐 3 차례의 이론 강의와 6 단계의 실험실습과정으로 구성되어 있으며 참가자 전원이 실험실습에 직접 참여하는 방식으로 진행될 예정입니다 (Schedule 참조). 특히 참가자께서 자신의 샘플을 준비해 오셔서 본 실험실습을 통해 직접 연구결과를 도출해 내실 수 `있도록 특별한 기회를 제공해 드리고자 합니다. 샘플 준비를 위한 상세한 사항은 “참가자의 샘플준비” 부분을 참조하시기 바랍니다.

Fluorescence image 및 데이터 분석
ScanArray Gx (Perkin Elmer) 스캐너를 이용하여 각 실험샘플의 형광이미지를 얻으시고, 얻어진 이미지파일은 ProScanArray Express 3.0 프로그램을 통해서 사용법을 들으시면서 직접 본인의 샘플에 대한 결과를 분석해 보실 수 있습니다. Score의 조절을 통해 강한 affinity를 가진 protein만 선별할 수도 있으며, 혹은 약한 affinity까지 포함된 결합 단백질들을 모두 선별할 수도 있습니다. 1인 1 PC를 구비하여 참가자께서 데이터 분석과정을 직접 수행하실 수 있도록 하였습니다.

워크샵 참가 특전

  1. 워크샵에서 참가자의 실험에 사용할 chip은 human ProtoArray v3.0으로써 5,000개의 protein이 올려져 있는 chip (현재 판매가 2,447,000) 이며, 본 워크샵에서는 (주) KDR의 후원으로 특별히 60% DC된 가격으로 활용할 수 있게 되었습니다.

  2. 워크샵 참가자에 한해서 향후 일정기간 동안 ProtoArray chip 및 실험관련 시약을 special discount 해드립니다. (일정 및 가격은 추후 공고)


참가자 정원

교육과정의 원활한 진행과 참석자들의 실질적 실험기회를 제공하고자 부득이 본 워크샵의 정원을 8명으로 한정하였으며 선착순으로 결정됩니다.

참가자의 샘플준비
본 워크샵에 참가하시는 분들께 본인의 희망에 따라 자신의 연구재료를 직접 실험하실 수 있는 기회를 제공해 드립니다. 단 실험실습과정상의 제한으로 인해 참가자가 할 수 있는 실험은 다음과 같습니다.

  • Human protein microarray (5,000 proteins)를 이용하여 protein에 interaction하는 새로운 protein을 찾고자 하는 경우 (protein-protein interaction).

    [필독] 참가자께서 실험하시고자 하는 샘플은 반드시 label 혹은 tagging이 되어있어야 실험에 사용할 수 있습니다.

  • Protein의 경우는 biotin이나 epitope tagging (V5, His)이 되어있으면 실험이 가능하며, tagging이 되어있지 않고 purified protein만 가지고 계신 경우는 워크샵 전까지 biotin labeling을 하셔서 오시면 됩니다. Protein에 biotin labeling은 누구든 간단하게 할 수 있으며, 참고로 Invitrogen의 Protoarray mini-biotinylation kit (Cat. AL-01)를 사용하시면 편리합니다.

  • 이번 워크샵에서 제공해드리는 형광 probe는 biotin labeling을 detection 할 수 있는 streptavidin-Alexafluo647이니 biotin labeling된 protein 샘플을 준비해오시는 참가자께서는 그 샘플만 준비해 오시면 됩니다.

  • V5 epitope tagging이나 His tagging을 detection 할 수 있는 Alexafluo647-conjugated secondary antibody는 Invitrogen과 Qiagen 등에서 판매하고 있으니 샘플에 V5 혹은 His로 tagging 되어있는 참가자께서는 샘플과 함께 형광 probe를 준비해오셔야 합니다.

  • 자신의 샘플이 없는 참가자께서도 저희의 demonstration용 샘플을 이용하여 동일하게 실험실습에 참여하실 수 있습니다. 그리고 자신의 샘플을 준비해 오실 참가자께서는 워크샵 참석 신청하실 때 샘플의 종류와 labeling 상태 및 종류를 반드시 알려주시기 바랍니다.

  • 준비하실 샘플의 용량: 단백질의 생물학적 특성에 따라 실험에 사용할 농도가 달라질 수 있습니다. (참고로 calmodulin interaction protein 동정을 위해 사용된 biotinyl-calmodulin의 농도는 400 nM 이었으며 용량은 150 ml 입니다.) 참가자들께서 사용하실 샘플의 농도는 각 샘플의 생물학적 정보에 근거하여 결정하시되 protein microarray 실험에 사용할 때는 hybridization buffer에 10배 이상으로 희석해서 사용될 예정이니 고농도로 준비해오시기 바라며 buffer로 희석한 후 실험에 사용할 용량은 150 ml 입니다. 권장량은 biotin labeled-protein의 경우는 1~10 mM 농도로 50 ml 정도입니다. 준비해오시는 샘플은 워크샵 당일에 제공되는 hybridization buffer로 원하시는 농도만큼 희석해서 실험에 사용될 예정입니다.

2006. 08.

연세프로테옴연구센터 (http://www.proteomix.org) 소장 백 융 기


워크샵 안내

  1. 일시: 2006년 9월 28일 (목) AM 08:30 ~ PM 6:00

  2. 장소 및 주관기관: 연세프로테옴연구센터 (YPRC)

    연세대학교 (신촌) 산학협동관 4층 세미나실 (강의), 산학협동관 416호 (실험)

  3. 후원: (주) KDR, (주)자연과학

  4. 강사진

    1). 권호정 교수 (Ph D. 연세대학교 생명공학과 화학유전체학 연구실)
    2). Gregory A. Michaud (Ph.D. Protein Microarray Specialist, Invitrogen)
    3). 이은영 박사 (Ph.D. 연세프로테옴센터)
    4). 김영선 대리 ((주) 자연과학)
    5). 손호선 부사장 ((주) 뉴로제넥스)

  5. 정원: 8 명

  6. 참가비: 120 만원 (ProtoArray Chip V3.0 + 기타경비)

  7. 참가자에게 제공되는 혜택 (사정에 따라 변경가능)

    1) 강의교재 (강의내용, 슬라이드 유인물 자료 및 실험 protocol)
    2) 본인 샘플 ProtoArray 분석기회 제공 (1 chip)
    3) 수료증
    4) 워크샵 당일 중식제공
    5) 워크샵 당일 주차무료
    6) USB 메모리 512Mb
    7) 워크샵 당일 1인 1대 PC 사용

참가신청요령 및 등록마감일

  • 첨부한 신청양식을 다운로드 받으신 후, 아래의 e-mail 주소로 신청서를 보내주시기 바랍니다.

  • 담당자 : 이은영 (eylee@yonsei.ac.kr, 02-2123-6625)

  • 참가비입금 및 영수증 발급: 입금계좌는 신청서를 받고 나서 개별 안내합니다. 또한 참가비에 대해 연세대학교 명의의 영수증이 발급됩니다.

  • 신청 마감일: 2006년 9월 15일 (금요일) 오후 6시 까지

  • 신청자가 수강예정인원보다 많을 경우에는 선착순으로 수강예정자를 선정함.

  • 선정된 수강예정자는 수강여부 및 샘플준비 방법 등에 대해서 개별통지 예정 (9월 18일 예정)

Protein Microarray Workshop 일정 (2006년 9월 28일)

­ 본 일정은 사정에 따라 변경될 수 있습니다.

08:40 ~ 09:00 Registration, Coffee & Tea
09:00 ~ 09:10 Opening remark (Young-Ki Paik, Ph D)
09:10 ~ 09:40 [Lecture] Why protein microarray? (Ho Jeong Kwon, Ph D)
09:50 ~ 10:10 [Experiment] Chip blocking
10:10 ~ 10:30 Coffee break
10:30 ~ 11:10 [Lecture] Accelerating Discovery Research and Drug Development with High Density, Functional ProtoArray[TM] Protein Microarrays (Gregory A. Michaud, Ph.D)
11:20 ~ 11:50 [Experiment] Probe dilution and hybridization
12:00 ~ 13:00 Lunch

13:00 ~ 13:30 [Experiment] Washing and fluorescence probe hybridization
13:30 ~ 14:00 [Lecture] Examples of ProtoArray experiments
14:10 ~ 15:00 [Experiment] Washing and drying chips
14:40 ~ 15:00 Coffee break
15:00 ~ 16:00 [Experiment/lecture] Scanning and data acquisition
16:00 ~ 17:00 [Experiment/lecture] Data analysis
17:00 ~ 18:00 Discussion and Closing remark

오시는 길은 아래 사이트를 참고 하세요.

http://www.proteomix.org/center/map.html

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