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The 24th YPRC/BPRC Proteomics Workshop

작성자
KHUPO
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The 24th YPRC/BPRC Proteomics Workshop

2006년 1월 세계인간프로테옴 기구 (HUPO)의 Education & Training Center (Asia 지역 총괄)로 선정된 연세프로테옴연구센터에서는 제 24차 프로테오믹스 워크샵을 2007년 7월 9일부터 13일까지 5일간 1주일 코스로 진행합니다. 본 센터는 2007년 HUPO congress (www.hupo2007.com)의 공식 후원기관이기도 합니다.

24차 워크샵 중점 추진방향
이번 24차 워크샵은 기존의 2-DE 및 non 2-DE의 다양한 proteomics 실험기법 및 분석방법 교육 뿐 만 아니라, 실제 실험과정에서 겪을 수 있는 문제점의 실무적인 해결책을 제공하는 것에 보다 큰 목적을 두고 있습니다. 샘플 수의 결정과정, 2-DE 이미지 분석과정, MS 및 MS/MS 데이터를 이용하여 단백질 동정결과의 얻는 과정에서 발생 가능한 문제점에 대해 연세프로테옴연구센터의 해결 노하우 등을 제시함으로써, 국내 프로테오믹스 분야의 질적 향상을 꾀하고자 합니다. 또한, MCP, Proteomics 등 주요 프로테오믹스 관련 논문의 게재에 필요한 최소 guideline에 대한 대처 방법 등 실질적인 부분에서 해당 분야 연구자들께 도움을 드리고자 합니다.

개요
이번 워크샵에서는 지난 7년간 총 23차에 걸쳐 축적된 교육 노하우를 바탕으로, 총 9 단계의 lab과정 및 13차례의 강의가 진행될 예정입니다. Lab 과정에서는 수강자 본인의 샘플에 대한 2-DE 분석 전 과정을 직접 실시하게 되며, 강의과정을 통해서 proteomics분석 방법의 이론적 배경 및 문제점의 해결 방법을 교육받으실 수 있습니다. 2DE 분야의 새로운 경향으로 자리잡은 Narrow range 2DE와 DIGE 분석에 대한 내용을 들으시고, Free Flow Electrophoresis, ZOOM, Rotofor, MARC, IgY, ProteoPrep20 등의 prefractionation 과정과 non 2DE 기반 장비들인 LC-MS/MS, LC-MALDI, PF2D, 및 iTRAQ에 대한 소개와 demo 실험을 통해, non 2-DE 기법에 대한 응용 가능성을 미리 검토하시기 바랍니다.

Proteome Informatics 과정의 추가 배치
Proteome informatics session을 추가로 기획하여, MS, MS/MS spectrum 및 PTM 분석 결과를 이해하고, 활용하는 데에 필수적인 다양한 informatics tool에 대한 교육을 증강 실시합니다.

2-DE 이미지 분석과정
2-DE 프로테옴 분석에서 가장 중요한 과정 중의 하나인 2-DE image 분석을 위하여, Image Master Platinum 5.0 분석 프로그램을 개인별로 할당하여, 직접 프로그램을 사용하면서 교육받고, DIGE 분석용 프로그램인 Decyder 6.5 에 대한 소개도 들으실 수 있도록 하였습니다.

2007. 6. 11
연세프로테옴연구센터 (http://www.proteomix.org) 소장 백 융 기

워크샵 안내
1) 일시: 2007년 7월 9일 ~ 7월 13일 (5 일간)

2) 장소 및 주관기관: 연세대학교 연세프로테옴연구센터 (YPRC)
후원: 보건복지부 지정 질병유전단백체연구지원센터(BPRC), 한국인간프로테옴기구 (KHUPO),
KDR ㈜, GE Healthcare 한국지사, 한국Pall 주식회사.

3) 강사진
1. 백융기 교수 (연세프로테옴연구센터 소장, HUPO 부회장, HPPP Co-Chair, HLPP/HPPP
Executive Committee Member (이사), Senior Editor (Proteomics 저널),
Editorial Board Member (MCP, Clinical Proteomics, Cancer Biomarker 저널 등)
2. 강의와 실험 조교 (YPRC/BPRC 연구원)
조상연 박사, 이은영 박사, 이형주 (LC-MS, PF2D), 정안성, 최은영 (In-gel digestion &
MALDI-TOF), 나근 (DIGE) 김혜영, 강민정 (Sample preparation, 2-DE, Image analysis),
권민석, 정슬기 (Proteome Informatics)

4) 정원: 15명 이내

5) 참가비: YPRC, 유전체연구센터 참여 연구원 - 110만원, 일반- 130만원

6) 참가자에게 제공되는 혜택 (사정에 따라 변경 가능)
1. 강의교재 (강의 내용, 실험절차 모음 및 강의용 유인물 자료 등)
2. 본인 샘플 2-DE 분석기회 제공 (1 paired sample)
3. 수료증, 실험가운, USB 메모리 (512 Mb)
4. 워크샵 기간 중 중식, 무료 주차

7) 참가신청요령 및 등록마감일
첨부한 신청양식을 작성하셔서, 아래의 e-mail 주소로 신청서를 보내주시기 바랍니다
o 담당자 (이은영): eylee@yonsei.ac.kr (02-2123-6625)
o 참가비 입금 및 영수증 발급, 샘플 준비 방법: 신청서를 받고 나서 개별 안내합니다.
o 샘플준비는 7월 2일 이전에 완료하셔야 합니다. 신청서 보내시기 전에 미리 문의하여 주시면 감사하겠습니다.

신청 마감일: 2007년 6월 29일 (금요일) 오후 6시 까지
6월 11일 홈페이지, 이메일 공지 이후 신청자가 15명 정원초과시 선착순 마감합니다.


24차 Workshop 일정
(* 본 일정은 사정에 따라 예고 없이 변경될 수 있습니다)

Day 1

Monday, July, 9, 2007

9:00

Registration, Coffee & Tea

9:30

[Lecture 1] Introduction to Recent Trends in Proteomics and Discovery of Biomarker (presented by Young-Ki Paik, Ph.D.)

11:00

[Lab 1] Sample Preparation and Isoelectric focusing (IEF)

13:00

Lunch

14:30

[Lab 2] Gel Casting (Gradient gel preparation)

16:30

[Lecture 2 and Demonstration 1] Prefractionation (ZOOM, Rotofor, FFE)

17:45

End

Day 2

Tuesday, July, 10, 2007

9:00

Coffee & Tea

9:30

[Lab 3] Equilibration and 2DE Analysis of Samples

11:30

[Lecture 3 and demonstration 2] Mass spectrometry Basics and Application of Nano LC-MS/MS system

13:00

Lunch

14:30

[Lecture 4] Breakthrough of Hurdles in Proteomics (2DE trouble shooting)

16:20

[Lab 4] De-casting & Protein Detection (CBB)

18:30

End

Day 3

Wednesday, July, 11, 2007.

9:00

Coffee & Tea

9:30

[Lecture 5 and Demonstration 3] ProteomeLab PF2D

10:30

[Lecture 6] High throughput protein identification strategy based on MS/MS analysis

12:30

Lunch

14:00

[Lab 5] Image Capture

16:00

Break

16:15

[Lab 6] In-gel Digestion for MALDI Analysis

18:00

End

Day 4

Thursday, July, 12, 2007

9:00

Coffee & Tea

9:30

[Lab 7] Desalting of peptide mixtures(Poros) and MALDI plate spotting

12:00

[Demonstration 4] LC-MALDI-TOF, 4800 MALDI-TOF/TOF

13:00

Lunch

14:30

[Lecture 7 and Lab 8] Image Convert, Compensation, Spot detection, Spot Pairing and Grouping (Image Master Platinum 5)

17:00

[Lecture 8 and Demonstration 5] Introduction of labeling technique – DIGE, SILAC (Typhoon 9400, Decyder6.5)

18:00

End

Day 5

Friday, July, 13, 2007

9:00

Coffee & Tea

9:30

[Lecture 9] Database search tips on PMF

10:30

[Lecture 10] Proteome Informatics tools, Part I

12:00

Lunch / Commencement / Photo

14:00

[Lecture 11] Proteome Informatics tools, Part II

15:00

[Lab 9] Practice of MALDI-MASS & DB search

16:30

[Lecture 12] Instructions to authors (MCP guideline)

17:30

[Lecture 13] Scientific Writing Skills for the Major Proteomics Journals

18:00

Closing Remark (by Young-Ki Paik, Ph.D.)

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