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제 16차 YPRC/BPRC 프로테오믹스 워크샵 (05.07.04-05.07.08)

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KHUPO
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The 16th YPRC/BPRC Proteomics Workshop

"Integrated Advanced Proteomics Course at YPRC / BPRC"

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최근 세계인간프로테옴 기구 (HUPO)의 Education & Training Center (Asia 지역 총괄)로 선정된 연세프로테옴연구센터 / 질병유전단백체연구지원센터에서는 제 16차 프로테오믹스 워크샵을 7월 4일부터 8일까지 5일간 1주일 코스로 진행합니다.

16차 워크샵 중점 추진방향
이번 16차 워크샵은 기존의 2-DE 및 non 2-DE의 다양한 proteomics 실험기법 및 분석방법 교육뿐 만 아니라, 실제 실험과정에서 겪을 수 있는 문제점의 실무적인 해결책을 직접 제공하는데 보다 큰 목적을 두고 있습니다. 샘플 수의 결정과정, 2-DE 이미지 분석과정, MS 및 MS/MS 데이터를 이용한 단백질 동정결과의 획득 등 발생 가능한 모든 문제점에 대한 연세프로테옴연구센터의 해결 노하우 및 처리 방법 등을 이번 워크샵을 통해서 제시함으로써, 국내 프로테오믹스 분야의 질적 향상을 꾀하고자 합니다. 또한, MCP, Proteomics 등 주요 프로테오믹스 관련 논문의 게재에 필요한 최소 guideline에 대한 대처 방법 등 실질적인 부분에서의 해당 분야 연구자들에게 올바른 방향을 제시하고자 합니다.

개요
금번 워크샵은 지난 5년간 총 15차에 걸쳐 축적된 교육 노하우를 바탕으로, 총 12 단계의 lab과정 및 13차례의 강의가 진행될 예정입니다. Lab 과정에서는 수강자 본인의 샘플에 대한 2-DE 분석 전과정을 직접 실시하게 되며, 다양한 해결책을 제시할 강의과정을 통해서 proteomics 분석방법에 상존하고 있는 각종 문제점을 극복할 수 있는 이론적 배경 및 실질적 해결방법 등을 교육받으실 수 있습니다.
또한, 본 센터에서 지난 1년간 신규로 도입한 non 2DE 기반 장비들인 Nanoflow proteomics solution (Agilent), Free Flow Electrophoresis (Tecan), Proteomelab PF2D (Beckman) 및 GradiFlow (Gradipore)에 대한 소개와 demo 실험을 통해, non 2-DE 기법에 대한 적용 가능성 및 응용성을 미리 검토하시기 바랍니다.


Proteome Informatics 과정의 추가 배치
Proteome informatics session을 추가로 기획하여, MS spectrum의 효율적인 분석 방법, MS/MS spectrum 분석에서의 confidence 증가 분석법, public proteome database의 이해 및 활용도 증가 등 프로테오믹스를 수행하고자 하는 이에게 필수적으로 요구되는 다양한 informatics tool에 대한 교육을 증강 실시합니다.


2-DE 이미지 분석과정
2-DE 프로테옴 분석에서 가장 중요한 과정 중의 하나인 2-DE image 분석을 위하여 Image Master Platinum 5.0에 대한 1인 1PC (교육기간 중, 계속 비치)를 할당, 교육하며, 일반적인 분석과정을 최소화하고, 다양한 classification 및 statistics tool을 이용한 과정을 강화하였습니다.


수강인원의 제한

교육과정의 원활한 진행과 참석자들의 실질적 실험기회를 제공하고자 부득이 본 워크샵의 정원을 14명 이내로 한정하였으며, 신청자가 이보다 많을 경우에는 소정의 절차에 따라 참석자를 결정하게 됨을 양해하여 주시기 바랍니다.

2005. 5. 31
연세프로테옴연구센터 (http://www.proteomix.org) 소장 백 융 기

워크샾 안내

  1. 일시: 2005년 7월 4일 ~ 7월 8일 (5 일간)
  2. 장소 및 주관기관: 연세대학교 연세프로테옴연구센터 (YPRC)
  3. 후원: 연세BT특성화연구단, 보건복지부 지정 질병유전단백체연구지원센터 (BPRC), 단백질네트워크연구센터 (PNRC), 한국인간프로테옴기구 (KHUPO)
  4. 강사진
    1. 백융기 교수 (연세프로테옴연구센터 소장, HUPO 사무총장, HLPP/HPPP Executive Committee Member (집행위원))
    2. 조상연 연구교수 (연세프로테옴연구센터/질병유전단백체연구지원센터 연구지원실장)
    3. 김진영 박사 (기초과학지원연구원 선임연구원)
    4. 이은영 박사 (연세프로테옴연구센터/질병유전단백체연구지원센터)

  5. 정원: 14명 이내
  6. 참가비:
    1) 유전체연구센터 참여 연구원 100만원
    2) 일반: 120만원
  7. 참가자에게 제공되는 혜택 (사정에 따라 변경 가능)
1) 강의교재 (강의 내용, 실험절차 모음 및 슬라이드 유인물 자료 등)
2) 본인 샘플 2-DE 분석기회 제공 (1 paired sample)
3) 수료증
4) 워크샾 기간중 중식
5) 전자저널 이용 및 Print 서비스(프로테오믹스 관련)프로테오믹스 관련 논문 링크 (http://www.proteomix.org/center/publication.html)
7) 워크샾 기간 중 주차 무료

참가신청요령 및 등록마감일

첨부한 신청양식을 다운로드 받으신 후, 아래의 e-mail 주소로 신청서를 보내주시기 바랍니다

o 담당자 (이미연): (02-2123-3279)

o 영수증 발급: 연세대학교 명의의 영수증이 발급됩니다.

  • 신청 마감일 : 2005년 6월 24일 (금요일) 오후 5시 까지
  • 신청자가 수강예정인원보다 많을 경우에는 센터 소정의 절차에 따라 수강예정자를 선정함.
  • 선정된 일반 수강예정자는 수강 여부 및 샘플 처리 방법 등에 대해서 개별 통지 예정 (6월 21일 예정)

[ 신청서 다운로드 ]


Workshop 일정
(* 본 일정은 사정에 따라 예고없이 변경될 수 있습니다)

Day 1
Monday, Jul 4, 2005
09:00 Registration, Coffee & Tea
09:30 [Lecture 1] Introduction to Recent Trends in Proteomics and Discovery of Biomarker (Young-Ki Paik, Ph.D.)
11:00 [Lab 1] IEF/1D Sample Preparation
13:00 Lunch
14:30 [Lab 2] Gel Casting (Gradient gel preparation)
16:30
PART
[Lecture 2 and Demonstration 1] Free Flow Electrophoresis and GradiFlow (Eun Young Lee, Ph.D.)
17:45 End
Day 2
Tuesday, Jul 5, 2005
09:00 Coffee & Tea, Refreshment
09:30
PART
[Lab 3] Equilibration and 2DE Analysis of Samples (PART A)
11:00
PART
[Lecture 3 and Demonstration2] Application of Nano LC-MS/MS system and Spectrum Mill (Agilent)
13:00 Lunch
14:30 [Lecture 4] Breakthrough of Hurdles in Proteomics (Sang Yun Cho, Ph.D., Eun-Young Lee, Ph.D.)
16:20 [Lab 4] De-casting & Protein Detection (CBB) (PART A, B) / Equilibration and 2DE Analysis of Samples (PART B)
18:30 End
Day 3
Wednesday, Jul 6, 2005
09:00 Coffee & Tea, Refreshment
09:30 [Lecture 5 and demonstration 3] ProteomeLab PF2D (Hyoung Joo Lee)
10:45
PART
[Lab 5] Image capture (PART A, B)
13:30 Lunch
15:00 [Lecture 6] High throughput protein identification strategy based on MS/MS analysis I (Jin-Young Kim,Ph.D.)
15:50 [Lecture 7] High throughput protein identification strategy based on MS/MS analysis II (Jin-Young Kim, Ph.D.)
16:45 Break
17:00
PART
[Lab 6] In-gel Digestion for MALDI Analysis
19:00 End
Day 4
Thursday, Jul 7, 2005
09:00 Coffee & Tea
09:30
PART
[Lab 7] Desalting of peptide mixtures with POROs / Oligo mini-column
12:00 [Demonstration 4] MALDI-TOF/TOF and Q-Star (YSRC)
13:00 Lunch
14:30 [Lecture 8 and Lab 8] Image Convert, Compensation, Spot detection, Spot Pairing and Grouping (IMP5) (Sang Yun Cho, Ph.D.)
15:30 [Lecture 9 and Lab 9] Advanced Image Analysis with Statistical Method I (IMP5) (Sang Yun Cho, Ph.D.)
16:45 [Lecture 10 and Lab 10] Advanced Image Analysis with Statistical Method II (IMP5) (Sang Yun Cho, Ph.D.)
18:00 End
Day 5
Friday, Jul 8, 2005
09:00 Coffee & Tea, Refreshment
09:30 [Lecture 11] Search tips on PMF (Min-Seok Kwon, IDR & YPRC)
10:00 [Lab 11] Practice of MALDI-MASS & DB search
12:00 [Lecture 12] Proteome Informatics tools, Part I (Min-Seok Kwon, Seul-Ki Chung)
13:00 Lunch / Commencement / Photo
15:00 [Lecture 13] Proteome Informatics tools, Part II (Min-Seok Kwon, Seul-Ki Chung)
16:00 [Lab 12] Practice of MALDI-MASS & DB Search
19:00 End
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