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제 14차 YPRC/BPRC 프로테오믹스 워크샵 (05.02.14-05.02.18)

작성자
KHUPO
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169
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The 14th YPRC/BPRC Proteomics Workshop

"Integrated Advanced Proteomics Course at YPRC / BPRC"

-------------------------------------------------- 2-DE, PTM 분석 및 Non 2-DE 기술 응용법

  1. 개요
    연세프로테옴연구센터 / 질병유전단백체연구지원센터에서는 제 14차 프로테오믹스 워크샵을 2월 14일부터 18일까지 5일간 진행합니다.

    이번 14차 워크샵은 2-DE 및 non 2-DE의 다양한 proteomics 실험기법 및 분석방법의 교육을 목표로 하고 있습니다. 체계적으로 구성된 총 12 단계의 lab과정을 통하여 수강자 본인의 샘플에 대한 2-DE 분석을 직접 실시하게 되며, 13차례의 강의는 proteomics의 최신 연구동향을 확인할 수 있는 좋은 기회가 될 것입니다.

    또한, 본 센터에서 지난 1년간 신규로 도입한 non 2DE 기반 장비들인 Nanoflow proteomics solution (Agilent), Free Flow Electrophoresis (Tecan), Proteomelab PF2D (Beckman) 및 GradiFlow (Gradipore)에 대한 소개와 demo 실험을 통해, non 2-DE 기법에 대한 적용 가능성 및 응용성을 미리 검토하시기 바랍니다.

  2. PTM 분석, 2DLC (protein level) 신기술 소개
    Expression profiling 이후, post-translational modification의 분석은 차기 프로테오믹스의 주요한 연구분야로 대두되고 있습니다. 이중 phosphorylation을 분석하기 위한 2-D Western Blotting 및 Ion-trap 등에 대한 실험을 워크샵 기간 중 병행 실시하고자 합니다.
    또한, 2-DE의 제한점을 극복할 수 있는 protein level의 2DLC 분획 (PF2D) 실험이 같이 진행될 예정입니다.

  3. Proteome Informatics 과정의 추가 배치
    Proteome informatics session을 추가로 기획하여, MS spectrum의 효율적인 분석 방법, MS/MS spectrum 분석에서의 confidence 증가 분석법, public proteome database의 이해 및 활용도 증가 등 프로테오믹스를 수행하고자 하는 이에게 필수적으로 요구되어지는 다양한 informatics tool에 대한 교육을 증강 실시합니다.
    또한, 2DE 프로테옴 분석에서 가장 중요한 과정 중의 하나인 2D image 분석을 위하여 Image Master Platinum 5.0에 대한 1인 1PC (교육기간인 2.14~2.18일간 계속 비치)를 할당, 교육하여 가장 강력한 통계분석툴을 보유한 IMP5를 자유자재로 사용하실 수 있도록 충분한 기회를 제공하여 드릴 것입니다.

  4. 수강인원의 제한
    교육과정의 원활한 진행과 참석자들의 실질적 실험기회를 제공하고자 부득이 본 워크샵의 정원을 15명 이내로 한정하였으며, 신청자가 이보다 많을 경우에는 소정의 절차에 따라 참석자를 결정하게 됨을 양해하여 주시기 바랍니다.

2005. 1. 5.
연세프로테옴연구센터 (http://www.proteomix.org) 소장 백 융 기

워크샾 안내

  1. 일시: 2005년 2월 14일 ~ 2월 18일 (5 일간)
  2. 장소 및 주관기관: 연세대학교 연세프로테옴연구센터 (YPRC)
  3. 후원: 연세BT특성화연구단, 보건복지부 지정 질병유전단백체연구지원센터 (BPRC), 단백질네트워크연구센터 (PNRC), Agilent Korea Ltd., KDR, 동영과학 (Beckman), GE healthcare 한국지사, 한국바이오래드주식회사, ㈜ BMS, GeneBio (Swiss), ㈜ 아이디알, CureBio, 마스트바이오, 한국인간프로테옴기구 (KHUPO),
  4. 강사진
    1. 백융기 교수 (연세프로테옴연구센터 소장, HUPO 사무총장, HLPP/HPPP Executive Committee Member (집행위원))
    2. 유종신 박사 (기초과학지원연구원 선임부장)
    3. 조상연 연구교수 (연세프로테옴연구센터/질병유전단백체연구지원센터 연구지원실장)
    4. 이은영 박사 (연세프로테옴연구센터/질병유전단백체연구지원센터)
  5. 조교진: YPRC/BPRC 연구원 (이준석 (Nano Proteomics Solution), 이형주 (PF2D), 전영욱 (In-gel digestion & MALDI-TOF), 김혜영, 강민정 (Sample preparation & 2-DE), 정슬기, 하소양, 이랑호 (Proteome Informatics)), ㈜ 아이디알 연구원 (권민석 (Proteome Informatics)
  6. 정원: 15명 이내
  7. 참가비:
    1) 유전체연구센터 참여 연구원 100만원
    2) 일반: 120만원
  8. 참가자에게 제공되는 혜택 (사정에 따라 변경 가능)
1) 강의교재 (강의 내용, 실험절차 모음 및 슬라이드 유인물 자료 등)
2) 본인 샘플 2-DE 분석기회 제공 (1 paired)
3) 수료증
4) 워크샾 기간중 중식
5) 전자저널 이용 및 Print 서비스(프로테오믹스 관련)프로테오믹스 관련 논문 링크 (http://www.proteomix.org/center/publication.html)
7) 워크샾 기간 중 주차 무료

참가신청요령 및 등록마감일

첨부한 신청양식을 다운로드 받으신 후, 아래의 e-mail 주소로 신청서를 보내주시기 바랍니다

o 담당자 (이미연): (02-2123-3279)

o 영수증 발급: 연세대학교 명의의 영수증이 발급됩니다.

  • 일반 신청마감일 : 2005년 1월 22일 (금요일) 오후 5시 까지
  • 신청자가 수강예정인원보다 많을 경우에는 센터 소정의 절차에 따라 수강예정자를 선정함.
  • 선정된 일반 수강예정자는 수강 여부 및 샘플 처리 방법 등에 대해서 개별 통지 예정 (1월 24일 예정)

신청서는 첨부된 파일을 참고해 주세요.


Workshop 일정
(* 본 일정은 사정에 따라 예고없이 변경될 수 있습니다)

Day 1
Monday, Feb 14, 2005
(Supported by Bio-Rad Korea)
09:00 Registration, Coffee & Tea
09:30 [Lecture 1] Introduction to Recent Trends in Proteomics (Sang Yun Cho, Ph.D.)
11:00 [Lab 1] IEF/1D Sample Preparation
13:00 Lunch
14:30 [Lab 2] Gel Casting (Gradient gel preparation)
16:30
PART
[Lecture 2 and Demonstration 1] Free Flow Electrophoresis and GradiFlow (Eun Young Lee, Ph.D.)
18:00 End
Day 2
Tuesday, Feb 15, 2005
09:00 Coffee & Tea, Refreshment
09:30
PART
[Lab 3] Equilibration and 2DE Analysis of Samples (PART A)
11:00
PART
[Lecture 3 and Demonstration 2] ProteomeLab PF2D (Hyoung Joo Lee)
13:00 Lunch
14:30 [Lecture 4] (Young-Ki Paik, Ph.D.) - Ongoing HUPO Projects (HPPP, HPSI, HBP, HLP, etc) - Writing-up Manuscripts for the Major Proteomics Journals (“How to write up the manuscript for MCP, Proteomics, JPR, Clinical Proteomics”)
16:20 [Lab 4] De-casting & Protein Detection (CBB, Deep Purple) (PART A, B) / Equilibration and 2DE Analysis of Samples (PART B)
18:30 End
Day 3
Wednesday, Feb 16, 2005
09:00 Coffee & Tea, Refreshment
09:30 [Lecture 5 and demonstration 3] Application of Nano LC-MS/MS system and Spectrum Mill (Jun Seok Lee)
11:15
PART
[Lab 5] Image capture (PART A, B)
13:30 Lunch
15:00 [Lecture 6] Introduction to Mass Spectrometry (Jong Shin Yoo, Ph.D.)
15:50 [Lecture 7] Tandem-Mass Spectrometry (Jong Shin Yoo, Ph.D.)
16:45 Break
17:00
PART
[Lab 6] In-gel Digestion for MALDI Analysis
19:00 End
Day 4
Thursday, Feb 17, 2005
(Supported by GE Healthcare)
09:00 Coffee & Tea
09:30
PART
[Lab 7] Desalting of peptide mixtures with Poros / Oligo mini-column
12:00 [Demonstration 4] MALDI-TOF/TOF and Q-Star (YSRC)
13:00 Lunch
14:30 [Lecture 8 and Lab 8] Image Convert, Compensation, Spot detection, Spot Pairing and Grouping (IMP5) (Sang Yun Cho, Ph.D.)
15:30 [Lecture 9 and Lab 9] Advanced Image Analysis with Statistical Method I (IMP5) (Sang Yun Cho, Ph.D.)
16:45 [Lecture 10 and Lab 10] Advanced Image Analysis with Statistical Method II (IMP5) (Sang Yun Cho, Ph.D.)
18:00 End
Day 5
Friday, Feb 18, 2005
(Supported by Applied Biosystems)
09:00 Coffee & Tea, Refreshment
09:30 [Lecture 11] Search tips on PMF (Young-Wook Jeon)
10:00 [Lab 11] Practice of MALDI-MASS & DB search
12:00 [Lecture 12] Proteome Informatics tools, Part I (Min-Seok Kwon, Seul-Ki Chung, Rang-Ho Lee, So-Yang Ha)
13:00 Lunch / Commencement / Photo
15:00 [Lecture 13] Proteome Informatics tools, Part II (Min-Seok Kwon, Seul-Ki Chung, Rang-Ho Lee, So-Yang Ha)
16:00 [Lab 12] Practice of MALDI-MASS & DB Search
19:00 End
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