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제 17 차 YPRC/BPRC 프로테오믹스 워크샵 안내

작성자
KHUPO
조회
1464
연락처
***-****-****
이메일
***********
작성일
2006.01.04. 16:46:50
첨부
첨부파일data_khupo_orgnews_Workshop_지원_신청서.doc


The 17th YPRC/BPRC Proteomics Workshop

"Integrated Advanced Proteomics Course at YPRC / BPRC"

-------------------------------------------------- 2DE, Non-2DE 기술 응용법

최근 세계인간프로테옴 기구 (HUPO)의 Education & Training Center (Asia 지역 총괄)로 지정된 연세프로테옴연구센터 / 질병유전단백체연구지원센터에서는 제 17차 프로테오믹스 워크샵을 2006년 2월 6일부터 10일까지 5일간 1주일 코스로 진행합니다.

17차 워크샵 중점 추진방향
이번 17차 워크샵은 기존의 2-DE 및 non 2-DE의 다양한 proteomics 실험기법 및 분석방법 교육뿐 만 아니라, 실제 실험과정에서 겪을 수 있는 문제점의 실무적인 해결책을 직접 제공하는데 보다 큰 목적을 두고 있습니다. 샘플 수의 결정과정, 2-DE 이미지 분석과정, MS 및 MS/MS 데이터를 이용한 단백질 동정결과의 획득 등 발생 가능한 모든 문제점에 대한 연세프로테옴연구센터의 해결 노하우 및 처리 방법 등을 이번 워크샵을 통해서 제시함으로써, 국내 프로테오믹스 분야의 질적 향상을 꾀하고자 합니다. 또한, MCP, Proteomics 등 주요 프로테오믹스 관련 논문의 게재에 필요한 최소 guideline에 대한 대처 방법 등 실질적인 부분에서의 해당 분야 연구자들에게 올바른 방향을 제시하고자 합니다.

개요
금번 워크샵은 지난 6년간 총 16차에 걸쳐 축적된 교육 노하우를 바탕으로, 총 11 단계의 lab과정 및 13차례의 강의가 진행될 예정입니다. Lab 과정에서는 수강자 본인의 샘플에 대한 2-DE 분석 전과정을 직접 실시하게 되며, 다양한 해결책을 제시할 강의과정을 통해서 proteomics 분석방법에 상존하고 있는 각종 문제점을 극복할 수 있는 이론적 배경 및 실질적 해결방법 등을 교육받으실 수 있습니다. 2DE 분야의 새로운 경향으로 자리잡은 Narrow range 2DE와 DIGE 분석에 대한 내용을 들으시고, Free Flow Electrophoresis (Tecan), ZOOM (Invitrogen), MARC (agilent), Seppro (Beckaman) 등의prefractionation 과정과 non 2DE 기반 장비들인 Nanoflow proteomics solution (Agilent), Proteomelab, PF2D (Beckman) 및 iTRAQ (ABI)에 대한 소개와 demo 실험을 통해, non 2-DE 기법에 대한 응용 가능성을 미리 검토하시기 바랍니다.


Proteome Informatics 과정의 추가 배치
Proteome informatics session을 추가로 기획하여, MS spectrum의 효율적인 분석 방법, MS/MS spectrum 분석에서의 confidence 증가 분석법, public proteome database의 이해 및 활용도 증가 등 프로테오믹스를 수행하고자 하는 이에게 필수적으로 요구되는 다양한 informatics tool에 대한 교육을 증강 실시합니다.


2-DE 이미지 분석과정
2-DE 프로테옴 분석에서 가장 중요한 과정 중의 하나인 2-DE image 분석을 위하여 Image Master Platinum 5.0 (GE Healthcare)에 대한 1인 1PC (교육기간 중, 계속 비치)를 할당, 교육하며, 일반적인 분석과정을 최소화하고, 다양한 classification 및 statistics tool을 이용한 과정을 강화하였습니다.


수강인원의 제한

교육과정의 원활한 진행과 참석자들의 실질적 실험기회를 제공하고자 부득이 본 워크샵의 정원을 15명 이내로 한정하였으며, 신청자가 이보다 많을 경우에는 소정의 절차에 따라 참석자를 결정하게 됨을 양해하여 주시기 바랍니다.

2006. 1. 3.
연세프로테옴연구센터 (http://www.proteomix.org) 소장 백 융 기

워크샾 안내

  1. 일시: 2006년 2월 6일 ~ 2월 10일 (5 일간)
  2. 장소 및 주관기관: 연세대학교 연세프로테옴연구센터 (YPRC)
  3. 후원: 연세BT특성화연구단, 보건복지부 지정 질병유전단백체연구지원센터 (BPRC), 단백질네트워크연구센터 (PNRC), Agilent Korea Ltd., KDR ㈜, 동영과학 (Beckman), GE healthcare 한국지사, 한국Pall 주식회사, 한국바이오래드주식회사, ㈜ BMS, GeneBio (Swiss), ㈜ 아이디알, CureBio, 한국인간프로테옴기구 (KHUPO)
  4. 강사진
    1. 백융기 교수 (연세프로테옴연구센터 소장, HUPO 사무총장, HLPP/HPPP Executive Committee Member (이사))
    2. 이은영 박사 (연세프로테옴연구센터/질병유전단백체연구지원센터)
    3. 김진영 박사 (기초과학지원연구원 선임연구원)
    4. 조교진: YPRC/BPRC 연구원-이형주, 고휘원 (Nano Proteomics Solution, PF2D), 정안성 (In-gel digestion & MALDI-TOF), 김혜영, 강민정 (Sample preparation & 2-DE), 정슬기(Proteome Informatics), ㈜ 아이디알 연구원 권민석 (Proteome Informatics)


  5. 정원: 15명 이내
  6. 참가비: 유전체연구센터 참여 연구원 - 100만원, 일반- 120만원
  7. 참가자에게 제공되는 혜택 (사정에 따라 변경 가능)
1) 강의교재 (강의 내용, 실험절차 모음 및 슬라이드 유인물 자료 등)
2) 본인 샘플 2-DE 분석기회 제공 (1 paired sample)
3) 수료증
4) 워크샾 기간중 중식
5) 워크샾 기간 중 주차 무료

참가신청요령 및 등록마감일

첨부한 신청양식을 다운로드 받으신 후, 아래의 e-mail 주소로 신청서를 보내주시기 바랍니다

o 담당자 (이은영): eylee@yonsei.ac.kr (02-2123-6625)

o 참가비 입금 및 영수증 발급: 입금계좌는 신청서를 받고 나서 개별 안내합니다. 유전체 센터에서 참가하는 분은 해당 센터의 연구비에서 바로 정산되고. 연세대학교 명의의 공식 영수증이 발급됩니다.

  • 신청 마감일: 2006년 1월 25일 (수요일) 오후 6시 까지
  • 신청자가 수강예정인원보다 많을 경우에는 센터 소정의 절차에 따라 수강예정자를 선정함.
  • 선정된 일반 수강예정자는 수강 여부 및 샘플 처리 방법 등에 대해서 개별 통지 예정 (1월 26일 예정)

[ 신청서 다운로드 ]


17차 Workshop 일정
(* 본 일정은 사정에 따라 예고없이 변경될 수 있습니다)

Day 1
Monday, Feb 6, 2006
09:00 Registration, Coffee & Tea
09:30 [Lecture 1] Introduction to Recent Trends in Proteomics and Discovery of Biomarker (Young-Ki Paik, Ph.D.)
11:00 [Lab 1] IEF/1D Sample Preparation (Hye Young Kim, Min Jung Kang)
13:00 Lunch
14:30 [Lab 2] Gel Casting (Gradient gel preparation)
16:30
PART
[Lecture 2 and Demonstration 1] Free Flow Electrophoresis and Prefractionation (Eun Young Lee, Ph.D.)
17:45 End
Day 2
Tuesday, Feb 7, 2006
09:00 Coffee & Tea, Refreshment
09:30
PART
[Lab 3] Equilibration and 2DE Analysis of Samples (PART A)
11:00
PART
[Lecture 3 and Demonstration2] Application of Nano LC-MS/MS system and Spectrum Mill (Hyoung Joo Lee)
13:00 Lunch
14:30 [Lecture 4] Breakthrough of Hurdles in Proteomics (Eun-Young Lee, Ph.D.)
16:20 [Lab 4] De-casting & Protein Detection (CBB) (PART A, B) / Equilibration and 2DE Analysis of Samples (PART B) (Hye Young Kim, Min Jung Kang)
18:30 End
Day 3
Wednesday, Feb 8, 2006
09:00 Coffee & Tea, Refreshment
09:30 [Lecture 5 and demonstration 3] ProteomeLab PF2D (Hyoung Joo Lee, Hwee Won Koh))
10:50

[Lecture 6] High throughput protein identification strategy based on MS/MS analysis I (Jin-Young Kim,Ph.D.)

11:40 [Lecture 7] High throughput protein identification strategy based on MS/MS analysis II (Jin-Young Kim, Ph.D.)
13:00 Lunch
14:30 [Lab 5] Image capture
16:30 Break
17:00 [Lab 6] In-gel Digestion for MALDI Analysis (An Sung Chung)
19:00 End
Day 4
Thursday, Feb 9, 2006
09:00 Coffee & Tea
09:30 [Lab 7] Desalting of peptide mixtures with POROs / Oligo mini-column
12:00 [Demonstration 4] MALDI-TOF/TOF and Q-Star (YSRC)
13:00 Lunch
14:30 [Lecture 8 and Lab 8] Image Convert, Compensation, Spot detection, Spot Pairing and Grouping (IMP5) (Eun Young Lee, Ph.D.)
15:30 [Lecture 9 and Lab 9] Advanced Image Analysis I (IMP5) (Eun Young Lee, Ph.D.)
17:30 End
Day 5
Friday, Feb 10, 2006
09:00 Coffee & Tea, Refreshment
09:30 [Lecture 10] Search tips on PMF (Min-Seok Kwon, IDR & YPRC)
10:00 [Lab 10] Practice of MALDI-MASS & DB search
12:00 [Lecture 11] Proteome Informatics tools, Part I (Min-Seok Kwon, Seul-Ki Chung)
13:00 Lunch / Commencement / Photo
15:00 [Lecture 12] Proteome Informatics tools, Part II (Min-Seok Kwon, Seul-Ki Chung)
16:00 [Lecture 13]Application of PRIDE (PRoteomics IDEntifications database)
(Sang Yun Cho, Ph.D)
(해당 프로그램 후원: 산업기술기반조성사업 중 '프로테오믹스 생물정보
인프라 구축사업 5차년도')
16:30 [Lab 11] Practice of MALDI-MASS & DB Search
19:00 End
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